През 90-те години в битката между Автоботите и Десептиконите се наместват и други трансформърси, сред които са Максималите, със способност да се транспортират в животни.
След събитията от предния сезон са възникнали алтернативни времеви линии. Мобиус и Локи искат да намерят Силви и спрат разрастващия се хаос и стабилизират вселената, която се разпада през очите им.
Майлс и Гуен Стейси трябва да създадат елитен екип, който да включва други версии на Спайди от различни измерения. Само така ще могат да надвият непобедим злодей, който е опасност за всички вселени.
Бари Алън се е върнал назад във времето, където неволно е променил някои неща и идвайки в настоящето вижда едно малко по-различно измерение. Сега някои от членовете на Лигата на справедливостта липсват, а той трябва да поправи това.
Детектив (Бен Афлек) разследва изчезването на дъщеря си и тайна правителствена програма, която стои зад поредица от невъзможни обири на високопоставени лица.
Агентът на ФБР Питър е въвлечен в конспирация, корените на която са дълбоко забити в най-висшите правителствени кръгове и при това в лицето на руска къртица.